Pētījumi 2020. gadā
"COVID-19 saistīto paraugu biobankas un asociēto datu integrētās platformas izveide Latvijā" (2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 31. decembris). Projekta mērķis: Projekta mērķis ir izveidot centralizētu biobanku un datu apmaiņas platformu, veicinot vīrusa izplatības ierobežošanas aktivitātes, jaunu ārstēšanas metožu izstrādi un starptautisku sadarbību. Finansējums: “Valsts pētījumu programma Covid – 19 seku mazināšana” Nr. VPP-COVID-2020/1-0016.
„Covid-19 infekcijas klīniskās, bioķīmiskās, imūnģenētiskās paradigmas, un to korelācija ar sociāli demogrāfiskiem, etioloģiskiem, patoģenētiskiem, diagnostiskiem, terapeitiski un prognostiski nozīmīgiem vadlīnijās iekļaujamajiem faktoriem" (01.07.2020-31.12.2020). Finansējums “Valsts pētījumu programma Covid – 19 seku mazināšana” Nr. VPP-COVID-2020/1-0023.
„Jaunās tehnoloģijas Covid-19 pacientu tēmētai monitorēšanai, testēšanai un terapijai (3-T Project)”. Mērķis - Izstrādāt SARS-CoV-2 (COVID-19) noteikšanas eksprestestu un veikt tā validāciju. RNS, nazofaringiālo iztriepju paraugi un asins plazmas paraugi tika izmantoti testa izstrādes un validācijas laikā, kā arī pozitīvas/negatīvas kontroles nolūkos. Finansējums “Valsts pētījumu programma Covid – 19 seku mazināšana”, Nr. VPP-COVID-2020/1-0025, īstenošanas periods 01.07.2020.-31.03.2021.
"Zināšanu un biobankas resursu integrācija metabolo slimību personalizētas profilakses un ārstēšanas attīstībā, izmantojot visaptverošu translācijas pieeju (INTEGROMED)". INTEGROMED projekta mērķis ir sniegt LBMC iespēju gūt jaunu pieredzi un resursus no izcilām zinātniskām institūcijām, izveidojot pētniecības un inovāciju sadarbības tīklu ar trim starptautiski vadošām organizācijām translācijas medicīnas jomā - Dandī Universitāti, Lundas Universitāti un Veizmana Zinātnes institūtu. INTEGROMED stratēģija ir veicināt izcilību un attīstīt ilgtspējīgu pieeju, kas vērsta uz visiem translācijas medicīnas aspektiem, ieskaitot klīnisko un biobanku resursu optimālu izmantošanu, dažādu -omics pieeju integrēšanu sistēmiskā darbplūsmā, attīstot uz pacientu orientētas pieejas un veicinot uzņēmējdarbību. H2020 līguma nr. 857572. (2019. gada 1. oktobris – 2022. gada 30. septembris).
"Ekstracelulārajās vezikulās ietvertā cilvēka un mikrobioma transkiptoma klīniskā nozīme". Projekta galvenais mērķis ir iegūt jaunas zināšanas par vēža pacientu asinīs esošo EV RNS saturu un to izcelsmi, un izpētīt to potenciālo pielietojumu trīs dažādu vēža veidu – prostatas, krūts un kuņģa vēža diagnostikā, prognostikā un agrīnā recidīvu noteikšanā. ERAF 1.1.1.1. pasākuma 2. kārtas projekts Nr. 1.1.1.1/18/A/084.
"Personalizēts krūts vēža molekulārās diagnostikas tests zāļu izvēlei un slimības gaitas novērošanai". Projekta mērķis ir izstrādāt personalizētu krūts vēža molekulārās diagnostikas testu katrai pacientei piemērotāko molekulāri mērķēto zāļu vai imunoterapijas līdzekļu izvēlei, terapijas efektivitātes novērtēšanai ārstēšanas laikā un savlaicīgai recidīvu prognozēšanai. ERAF 1.2.1.2. pasākuma projekts Nr. KC-PI-2017/23.
"Dinamiska cilvēka mikrobioma datu platforma un interpretācijas rīks personalizētām veselības rekomendācijām" (1.kārta: 2020. gada 31. marts – 2020. gada 30. septembris; 2.kārta:2020. gada 1. decembris – 2022. gada 30. jūnijs). Projekta galvenais mērķis ir izstrādāt daudzfunkcionālu, uz mākoņresursiem balstītu datu vākšanas un analizēšanas platformu, kas, pamatojoties uz mikrobioma analīzēm un pieejamo, uz pierādījumiem balstīto zinātnisko informāciju, ļautu nodrošināt personalizētas uztura, dzīvesveida un medikamentozās terapijas rekomendāciju iespējas. KC-PI-2020/30.
"Sekretorā IgA un zarnu mikrobioma mijiedarbība un dinamika antidiabētiskās terapijas laikā". (2020. gada 1. maijs – 2023. gada 30. aprīlis). Projekta mērķis ir izprast sIgA modulējošo iedarbību uz zarnu mikrobiomu, īpaši T2D pacientos, un metformīna lomu šajā procesā, izmantojot klīnisko izpēti cilvēkos un atbilstošu T2D peļu modeli, lai identificētu drošus omics-based biomarķierus ārstēšanas rezultātu prognozēšanai un jaunu ārstēšanas stratēģiju identificēšanai. Lai realizētu mērķi, mēs plānojam veikt pētījumu cilvēku kohortā, izmantojot kvalitatīvus klīniskos resursus, tai skaitā notiekošo OPTIMED pētījumu un Latvijas Valsts iedzīvotāju genoma datu bāzes (VIGDB) resursus. Papildus tam, tiks veikti pētījumi pelēs. Rezultātu iegūšanai tiks izmantotas modernākās mūsdienu tehnoloģijas, tai skaitā uz lielapjoma paralēlo sekvenēšanu balstīta metagenoma un metatranskriptoma analīze, kā arī atlasīto mikrobioma subpopulāciju metabolītu analīze. Projekta rezultātā tiks izprasta ne tikai korelatīva saistība starp sIgA, zarnu mikrobiomu un T2D ārstēšanas efektivitāti, bet arī funkcionālie mehānismi un cēloņsakarības. Finasējums: ERAF 1.1.1.1/19/A/036.
"Standarta procedūru izstrāde bērnu ļaundabīgo audzēju molekulārai raksturošanai". Iniciatīvas mērķis ir palielināt veselības aprūpes speciālistu un zinātnieku kompetenci bērnu ļaundabīgo audzēju ģenētikā un izveidot perspektīvu uz molekulāro izpēti balstītu prezīcijas medicīnas pieeju pediatriskās onkoloģijas klīniskajā praksē Latvijā. Projekta ietvaros tiks izstrādāta pirmā uz pilna genoma analīzi balstīta (lielapjoma paralēlā sekvenēšana) precīzijas medicīnas platforma, kas uzlabos tradicionālās diagnostikas iespējas un veicinās optimālās terapijas stratēģijas izvēli, tādejādi samazinot terapijas nevēlamos blakus efektus bērnu ļaundabīgo audzēju ārstēšanā. Finansējums: SIA "Mikrotīkls" atbalstītais un LU Fonda administrētais projekts.
„Mitohondriālā DNS mutāciju un variantu ar nezināmu efektu raksturošana un analīze, izmantojot transmitohondriālos citoplazmatiskos hibrīdu šūnu modeļus”. Projekta istenošanā izmanto transmitohondriālos citoplazmatisko hibrīdu šūnu modeļus, lai raksturotu mitohondriālās DNS mutācijas un polimorfismus, analizējot to individuālo ietekmi uz enerģijas metabolismu šūnā, oksidatīvās fosforilēšanas sistēmas efektivitāti un kodola gēnu ekspresiju, ko realizē mitohondriji, izmantojot atgriezenisko regulāciju. Nr. FLPP 0180.
“Cilvēka asins mikrobioma izcelsmes un izmaiņu izpēte un tā saistība ar hroniskajām slimībām”. Šī projekta galvenais mērķis ir noskaidrot cilvēka asins mikrobioma izcelsmi un dinamiku, kā arī tā saistību ar zarnu iekaisumu, lai identificētu uzticamus, uz lielapjoma molekulārajām analīzēm balstītus biomarķierus hronisku slimību agrīnai diagnostikai un monitorēšanai, izmantojot 2. tipa cukura diabētu un kairinātu zarnu sindromu kā slimības modeļus. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Jānis Kloviņš. Pētījums tiek finansēts no Latvijas Zinātnes padomes granta Nr. lzp-2019/1-0116.
“Multidisciplinārs pētījums par sadzīvē iegūtas sepses pacientiem izdzīvotājiem Latvijā”. Pētījuma mērķis ir iegūt padziļinātu izpratni par pēc sepses izdzīvojušām personām, ieskaitot klīniskos un molekulāros atveseļošanās aspektus. Atbildīgais pētnieks: Dr. med. Uga Dumpis, vadītājs Biomedicīnas centra pusē Prof. Jānis Kloviņš. Pētījums tiek finansēts no Latvijas Zinātnes padomes granta Nr. lzp-2019/1-0225.
“Ziemļvalstu diētas ietekme uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionalitāti un noguruma simptomiem pacientiem ar vieglu un vidēju čūlaino kolītu.” Projekta galvenais mērķis ir novērtēt zarnu mikrobioma sastāvu un funkcionālo profilu, nogurumu un citus klīniskos simptomus čūlainā kolīta pacientiem pirms un pēc neilgas Ziemeļvalstu diētas. Biocodex – PRL/20/10
"Agrīnas diagnostikas un monitoringa algoritma izveide aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju pacientiem - NEXT". Veidojot audu banku ar ģenētiski raksturotiem audzēju paraugiem un izstrādājot no pacientu paraugiem iegūtus ksenotransplantātus (CDXs, PDXs) un organoīdus, mēs vēlamies noteikt PNET raksturīgos biomarķierus, kas nepieciešami, lai izstrādātu uz nanotehnoloģijām balstītu mikrošķidrumu ierīci un integrētu minimāli invazīvas šķidrās biopsijas tehnoloģiju PNET agrīnai atklāšanai. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Vita Rovīte. Pētījumu finansē Joint Transnational Call for Proposals 2017.
„Retu nezināmas izcelsmes neiromuskulāro slimību funkcionālā un ģenētiskā izpēte”. Projekta mērķis ir veltīts diviem aspektiem – 1) labāk izprast un raksturot nesen atklāto mutanto MYBPC1 proteīnu, tā mijiedarbību ar citiem šūnu partneriem un iesaistīšanos molekulārajos mehānismos, kas ir jauna slimības fenotipa pamatā, un 2) identificēt jaunus ģenētiskos elementus (gēnus, starpgēnu rajonus vai hromosomu pārkārtošanās), kas ir reto neidentificēto NMS izraisošie faktori. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Inna Iņaškina Pētījums tiek finansēts no ERAF projekta Nr.: 1.1.1.1/18/A/097.
„Molekulārie RNS faktori hipofīzes adenomas attīstībā”. Projekta mērķis ir pētīt dažādu ribonukleīnskābju (RNS) marķieru spektra nozīmi hipofīzes adenomas attīstībā, lai atklātu noteicošos faktorus, kas ietekmē atbildi uz terapiju un slimības iznākumu. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Vita Rovīte Pētījums tiek finansēts no ERAF projekta Nr.: 1.1.1.1/18/A/089.
„Reto pārmantoto slimību izraisošo faktoru izpēte izmantojot pilna genoma sekvenēšanas pieeju”. Projekta mērķis ir identificēt jaunus ģenētiskos faktorus kā slimības cēloņus pacientiem ar retajām pārmantotājām slimībām, kuriem patogēnie varianti līdz šim nav identificēti ar klasiskajām ģenētiskās analīzes metodēm, piemēram, salīdzinošo genoma hibridizāciju, gēnu paneļu un pilna eksoma masīvo paralēlo sekvencēšanu. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Inna Iņaškina. Pētījums tiek finansēts no ERAF projekta Nr.: 1.1.1.1/18/A/096.
"miRNS nozīme saimniekorganisma-zarnu mikrobioma mijiedarbībā metformīna terapijas kontekstā uz metabolisma traucējumu fona". Projekta mērķis ir izpētīt saimniekorganisma miRNS nozīmi metformīna izraisītās zarnu mikrobioma kompozīcijas un funkciju izmaiņās T2D kontekstā un identificēt miRNS paneli, kuru varētu izmantot turpmākos klīniskos pētījumos. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Jānis Kloviņš. Pētījums tiek finansēts no ERAF projekta Nr.: 1.1.1.1/18/A/092.
“Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku pārvaldība Latvijā: sabiedrības, donoru un zinātnieku viedokļu analīze”. Mērķis tiks sasniegts, veicot reprezentatīvu sabiedrības aptauju par attieksmi pret biobankām, biobanku donoru aptauju un zinātnieku aptauju. Tiks veiktas arī padziļinātas kvalitatīvas intervijas ar biobanku donoriem un zinātniekiem. Aptaujās un intervijās īpaša uzmanība tiks pievērsta mērķa grupu viedokļa izpētei par biobanku pārvaldības ētiskajiem aspektiem (informētās piekrišanas veidi, datu drošība, vēsturisko kolekciju izmantošana, individuālu rezultātu ziņošana, pētījumu rezultātu publicēšana utml.). Pētījumu veiks starpdisciplināra pētījumu grupa, ko veido šobrīd divas lielākās Latvijas biobankas, iesaistot dažādu nozaru pārstāvjus – ētikas, socioloģijas, antropoloģijas, statistikas, sabiedrības veselības un biobanku ekspertus. Atbildīgais pētnieks: Assoc. Prof. Signe Mežinska. Pētījums tiek finansēts no Latvijas Zinātnes padomes granta lzp-2018/2-0171.
"Ārvides un ģenētisko faktoru mijiedarbība vairogdziedzera autoimūno slimību imunoloģiskās attīstības mehānismos". Pētījuma mērķis ir analizēt vairogdziedzera autoimūno slimību ģenētiskās jutības variantus Hašimoto un Greivsa slimības pacientiem, atbilstoši precīzijas medicīnas nostādnēm, lai pētītu mijiedarbību starp noteiktiem ārvides faktoriem (selēna uzņemšanu un statusu, stresu, dzīvesveidu un citiem faktoriem), kas varētu veicināt atšķirīgu T helperu un citokīnu signālceļu darbību. Atbildīgais pētnieks: Assoc. prof., Dr. med. Ilze Konrāde. Pētījums tiek finansēts no Latvijas Zinātnes padomes granta lzp-2018/2-0059.
„Reto slimību bioloģisko materiālu un saistīto datu infrastruktūras resursu veidošana diagnostiskiem un pētnieciskiem mērķiem”. Projekta mērķis ir veidot reto slimību pacientu un viņu tuvinieku bioloģiskā materiāla un saistīto datu kolekciju, lai veicinātu šo slimību diagnostiku Latvijā un nodrošinātu resursus RS pētniecībai pasaulē. Projekta ietvaros ir plānots iegūt bioloģisko materiālu (asins paraugus) no RS pacientiem un viņu asins radiniekiem, kurus paredzēts apstrādāt un uzglabāt Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Šos bioloģiskos materiālus paredzēts izmantot diagnostiskiem mērķiem, gadījumos, ja šāda diagnostika nav klīniski pieejama, kā arī pētniecības projektos, kas varētu nodrošināt pacientam diagnostiku projekta ietvaros. Atbildīgais pētnieks: Prof. Jānis Kloviņš. Dalībnieku iesaisti atblasta Valsts iedzīvotāju genoma datubāze. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 1/18-06-19
“Neinvazīvu biomarķieru izmantošana priekšdziedzera vēža (PV) un labdabīgas priekšdziedzera hiperplāzijas (LPH) personalizētai agrīnai diagnostikai, prognostikai un ārstēšanas klīnisko rezultātu izvērtēšanai”. Projekta galvenais mērķis ir izstrādāt tehniski un klīniski validētus rīkus prostatas vēža diagnostikai un prognostiskai, balstoties uz cilvēka bioloģiskajos šķidrumos esošo ekstracelulāro vezikulu skaitu un molekulārā satura analīzi. Atbildīgais pētnieks: Dr. biol. Aija Linē. Projekta finansējums: ERA-NET TRANSCAN-2 Joint Transnational Call for Proposals 2016 (JTC 2016) project application “Exploitation of extracellular vesicles for precision diagnostics of prostate cancer”, dalībnieku iesaisti atbalsta Valsts iedzīvotāju genoma datubāze.
"Uzturā lietoto kūpinājumu ietekme uz zarnu mikrobiomu”. Pētījuma mērķis ir noskaidrot kūpinātu pārtikas produktu ietekmi uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionālām izmaiņām un šo izmaiņu potenciālo nozīmi metabolisma regulācijā. Atbildīgais pētnieks: Ineta Kalniņa. Pētījums tiek finansēts no ERAF Nr.1.1.1.2/VIAA/1/16/128, tāda paša nosaukuma projekta. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 1/18-06-07
“Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai, atklāt prognostisku un diagnostiskus HA molekulāros marķierus”. Projekta mērķis ir izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai. Atbildīgais pētnieks: Prof. Jānis Kloviņš. Pētījums tiek finansēts no ERAF Nr.: 1.1.1.1/16/A/066 projekta līdzekļiem. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma Nr: 2/18-02-21.
„Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai”. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā. Tiek paredzēts, ka plānotās aktivitātes palīdzēs definēt zarnu mikrobioma lomu atbildes reakcijas uz metformīna lietošanu regulācijā, kā arī sniegs ieskatu epiģenētisko marķieru profilos un to funkcionālajā nozīmē medikamenta terapijas kontekstā. Atbildīgais pētnieks: Prof. Jānis Kloviņš. Pētījums tiek finansēts no ERAF Nr.: 1.1.1.1/16/A/091 projekta līdzekļiem. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma Nr: 1/16-05-12.
„Unificēta terapeitiskā zāļu uzraudzības modeļa izveide pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām, pielietojot imunoloģiskās, molekulārās bioloģijas un morfoloģiskās metodes”. Projekta mērķis ir izpētīt individuāla tiopurīna metabolisma un terapeitiskās zāļu uzraudzības, pielietojot imunoloģiskās, klīniskās, molekulārās bioloģijas un morfoloģiskās metodes, ietekmi uz slimības gaitu pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām (IZS). Atbildīgais pētnieks: Dr. Polīna Zaļizko. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 3/18-02-21
“Staigā vesels”. Projekta mērķis ir uzlabot fiziskās spējas, diabēta kontroli un mazināt tā komplikāciju risku ar regulāru fizisko aktivitāšu programmas ar intervāla treniņa (FAPIT) metodes palīdzību. Tāpat projekts palīdzēs izvērtēt patstāvīgi izmantotās mobilās ierīces lietotnes pielietojamību un efektivitāti intervālo FAPIT monitorēšanā, salīdzinot ar fizioterapeita vadītiem treniņiem. Atbildīgais pētnieks: Dr. med. Jeļizaveta Sokolovska; Finansējums: SIA “Mikrotīkls” ziedojums LU Fonda projektu ietvaros. Latvijas Universitātes Kardioloģijas un Reģeneratīvās medicīnas institūta klīniski-fizioloģisko pētījumu, zāļu un farmaceitisko produktu klīniskās izpētes ētikas komitejas atzinuma nr: 28.06.17 - Prot. 6
Pētījumi 2019. gadā
"Uzturā lietoto kūpinājumu ietekme uz zarnu mikrobiomu”. Pētījuma mērķis ir noskaidrot kūpinātu pārtikas produktu ietekmi uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionālām izmaiņām un šo izmaiņu potenciālo nozīmi metabolisma regulācijā. Pētījums tiek finansēts no ERAF Nr.1.1.1.2/VIAA/1/16/128 līdzekļiem. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 1/18-06-07.
"Unificēta terapeitiskā zāļu uzraudzības modeļa izveide pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām (IZS), pielietojot imunoloģiskās, molekulārās bioloģijas un morfoloģijas metodes". Mērķis ir veikta tiopurīna metiltransferāzes polimorfismu noteikšana IZS pacientiem, Atbalsts no LU Fonda Mikrotīka stipendijas. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 3/18-02-21.
“Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem”, kas tiek veikts ERAF 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros. Nr. 1.1.1.1/16/A/211. Izpildes termiņš: 1.03.2017.-29.02.2020. Projekta mērķis ir sintezēt jaunus luminoforus slimību diagnostikai medicīnā un veterinārmedicīnā.
“Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai, atklāt prognostisku un diagnostiskus HA molekulāros marķierus”, ERAF, 1.1.1.1/16/A/066, 2017-2019. Projekta mērķis: izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai.
„Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai” ERAF Nr.: 1.1.1.1/16/A/091, 2017-2019. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā. Tiek paredzēts, ka plānotās aktivitātes palīdzēs definēt zarnu mikrobioma lomu atbildes reakcijas uz metformīna lietošanu regulācijā, kā arī sniegs ieskatu epiģenētisko marķieru profilos un to funkcionālajā nozīmē medikamenta terapijas kontekstā.
"Agrīnas diagnostikas un monitoringa algoritma izveide aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju” ERA-NET, Joint Transnational Call for Proposals. Projekta mērķis ir, veidojot audu banku ar ģenētiski raksturotiem audzēju paraugiem un izstrādājot no pacientu paraugiem iegūtus ksenotransplantātus (CDXs, PDXs) un organoīdus, mēs vēlamies noteikt PNET raksturīgos biomarķierus, kas nepieciešami, lai izstrādātu uz nanotehnoloģijām balstītu mikrošķidrumu ierīci un integrētu minimāli invazīvas šķidrās biopsijas tehnoloģiju PNET agrīnai atklāšanai.
„Molekulārie RNS faktori hipofīzes adenomas attīstībā” ERAF projekts Nr. 1.1.1.1/18/A/089. Projekta zinātniskais mērķis ir pētīt dažādu ribonukleīnskābju (RNS) marķieru spektra nozīmi hipofīzes adenomas (HA) attīstībā, lai atklātu noteicošos faktorus, kas ietekmē atbildi uz terapiju un slimības iznākumu.
“Farmakokinētikas matemātiskais modelis metformīna terapijas personalizētai optimizācijai”, lzp-2018/2-0088. Projekta ideja ir apvienot vairāk nekā desmit gadu ilgu medicīnisko un ģenētisko pētījumu pieredzi ar datorzinātņu un informācijas tehnoloģiju speciālistu vairāk nekā desmit gadu pieredzi ar parasto diferenciālo vienādojumu sistēmām, kuru pamatā ir bio-procesu dinamiskā modelēšana. Jau iegūtie eksperimentālie dati no metformīna farmakokinētikas pētījuma kombinācijā ar pieejamo ģenētisko analīžu rezultātiem tiks lietoti metformīna farmakokinētikas individualizētā dinamiskā mehānisma modeļa parametru noteikšanai.
“Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku pārvaldība Latvijā: sabiedrības, donoru un zinātnieku viedokļu analīze”, lzp-2018/2-0171. Pētījuma mērķis ir sniegt pienesumu ētiski un sociāli atbildīgai pētniecības biobanku pārvaldībai Latvijā, analizējot vispārējās sabiedrības, donoru un pētnieku viedokļus, bažas un vajadzības.
“Ārvides un ģenētisko faktoru mijiedarbība vairogdziedzera autoimūno slimību imunoloģiskās attīstības mehānismos”, lzp-2018/2-0059. Pētījuma mērķis ir analizēt vairogdziedzera autoimūno slimību ģenētiskās jutības variantus Hašimoto un Greivsa slimības pacientiem, atbilstoši precīzijas medicīnas nostādnēm, lai pētītu mijiedarbību starp noteiktiem ārvides faktoriem (selēna uzņemšanu un statusu, stresu, dzīvesveidu un citiem faktoriem), kas varētu veicināt atšķirīgu T helperu un citokīnu signālceļu darbību.
“Standarta procedūru izstrāde bērnu ļaundabīgo audzēju molekulārai raksturošanai”, SIA Mikrotīkls finansēts projekts. Projekta ietvaros tiks izstrādāta pirmā uz pilna genoma analīzi balstīta (lielapjoma paralēlā sekvenēšana) precīzijas medicīnas platforma, kas uzlabos tradicionālās diagnostikas iespējas un veicinās optimālās terapijas stratēģijas izvēli, tādejādi samazinot terapijas nevēlamos blakus efektus bērnu ļaundabīgo audzēju ārstēšanā.
“Zināšanu un biobankas resursu integrācija metabolo slimību personalizētas profilakses un ārstēšanas attīstībā, izmantojot visaptverošu translācijas pieeju (INTEGROMED)”, Apvārsnis 2020, līguma numurs: 857572. INTEGROMED projekta mērķis ir sniegt LBMC iespēju gūt jaunu pieredzi un resursus no izcilām zinātniskām institūcijām, izveidojot pētniecības un inovāciju sadarbības tīklu ar trim starptautiski vadošām organizācijām translācijas medicīnas jomā - Dandī Universitāti, Lundas Universitāti un Veizmana Zinātnes institūtu. INTEGROMED stratēģija ir veicināt izcilību un attīstīt ilgtspējīgu pieeju, kas vērsta uz visiem translācijas medicīnas aspektiem, ieskaitot klīnisko un biobanku resursu optimālu izmantošanu, dažādu -omics pieeju integrēšanu sistēmiskā darbplūsmā, attīstot uz pacientu orientētas pieejas un veicinot uzņēmējdarbību..
"Diabētiskās retinopātijas jaunie biomarķieri: ubikvitīna-proteasomu sistēmas gēnu epiģenētiskās izmaiņas, telomēru garums un protesomu koncentrācija", Latvijas-Lietuvas -Taivānas sadarbības projekts, 2019-2021.g.
Pētījumi 2018. gadā
„Smagas gripas vīrusa infekcijas etioloģija Ziemeļvalstīs (NorthernFlu)”. Projekta mērķis ir pētīt smagu gripas infekciju raksturu, analizējot vīrusa un saimniekorganisma ģenētiskos faktorus. Pētījums tiek finansēts no projekta “MOBTT39: Towards better diagnostics and treatment of severe influenza infections” (NorthernFlu), funder: European Regional Development Fund, Research Council of Estonia under Mobilitas+ programme” līdzekļiem, pētījumu dalībnieku iesaisti daļēji atbalsta Valsts iedzīvotāju genoma datubāze. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 1/18-01-24.
"Uzturā lietoto kūpinājumu ietekme uz zarnu mikrobiomu”. Pētījuma mērķis ir noskaidrot kūpinātu pārtikas produktu ietekmi uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionālām izmaiņām un šo izmaiņu potenciālo nozīmi metabolisma regulācijā. Pētījums tiek finansēts no ERAF Nr.1.1.1.2/VIAA/1/16/128 līdzekļiem. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 1/18-06-07.
"Unificēta terapeitiskā zāļu uzraudzības modeļa izveide pacientiem ar iekaisīgām zarnu slimībām (IZS), pielietojot imunoloģiskās, molekulārās bioloģijas un morfoloģijas metodes". Mērķis ir veikta tiopurīna metiltransferāzes polimorfismu noteikšana IZS pacientiem, Atbalsts no LU Fonda Mikrotīka stipendijas. Centrālās medicīnas ētikas komitejas atzinuma nr: 3/18-02-21.
“Staigā vesels”. Projekta mērķis ir uzlabot fiziskās spējas, diabēta kontroli un mazināt tā komplikāciju risku ar regulāru fizisko aktivitāšu programmas ar intervāla treniņa (FAPIT) metodes palīdzību. Tāpat projekts palīdzēs izvērtēt patstāvīgi izmantotās mobilās ierīces lietotnes pielietojamību un efektivitāti intervālo FAPIT monitorēšanā, salīdzinot ar fizioterapeita vadītiem treniņiem. Atbildīgais pētnieks: Dr. med. Jeļizaveta Sokolovska. Finansējums: SIA “Mikrotīkls” ziedojums LU Fonda projektu ietvaros. Latvijas Universitātes Kardioloģijas un Reģeneratīvās medicīnas institūta klīniski-fizioloģisko pētījumu, zāļu un farmaceitisko produktu klīniskās izpētes ētikas komitejas atzinuma nr: 28.06.17 - Prot. 6
“Latvijas iedzīvotāju DNS integritātes pētījums atkarībā no vecuma, dzimuma, dzīvesveida un patoloģijām”. Projekta mērķis ir Izpētīt DNS integritātes pakāpi Latvijas iedzīvotājiem atkarībā no dzimuma, vecuma, dzīvesveida un veselības stāvokļa, kā arī noteikt iespējamās asociācijas starp DNS integritātes pakāpi un DNS reparācijā iesaistītu gēnu polimorfismiem. Atbildīgais pētnieks: Nikolajs Sjakste. Centrālās medicīnas ētikas komitejas nr. Nr. 1/17-10-10
"Melanomas metastāžu un sekundāro audzēju attīstības ģenētiskie marķieri (GENMEL)", kas tiek īstenots ERA-NET projekta TRANSCAN JTC2013 ietvaros. Projekta identifikācijas Nr.: GENMEL Z/15/1285 - PRL15/15. Izpildes termiņš: 1.05.2015.-30.04.2018. Vadītāja - Dr.biol. Dace Pjanova. Projekta mērķis ir identificēt ģenētiskās izmaiņas, kuras varētu būt saistītas ar metastāžu un sekundāro audzēju veidošanos.
“Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem”, kas tiek veikts ERAF 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros. Nr. 1.1.1.1/16/A/211. Izpildes termiņš: 1.03.2017.-29.02.2020. Projekta mērķis ir sintezēt jaunus luminoforus slimību diagnostikai medicīnā un veterinārmedicīnā.
Valsts pētījumu programma „Biomedicīna sabiedrības veselībai” (BIOMEDICINE), Apakšprojekta Nr.7.3. Īstenošanas periods: 2014-2017. Projekta mērķis: ar multidisciplināra konsorcija palīdzību pētīt vīrusu, baktēriju un makroorganisma mijiedarbību infekcijas procesa attīstības gaitā, šīs mijiedarbības mehānismus un determinantes inovatīvu infekcijas procesa regulācijas un modulācijas stratēģiju izveidei.
“Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai, atklāt prognostisku un diagnostiskus HA molekulāros marķierus”, ERAF, 1.1.1.1/16/A/066, 2017-2019. Projekta mērķis: izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai.
VPP „Biomedicīna sabiedrības veselībai” (BIOMEDICINE) projekts Nr.2 „Diabēta un kardiovaskulāro komplikāciju molekulārie mehānismi, farmakoģenētika un jauni ārstniecības līdzekļi” apakšprojekts Nr.2.8., īstenošanas periods 2014-2017. Pētījuma mērķis: MODY mutāciju skrīnings, kas ietver 13 riska gēnu kodējošo daļu analīzi, MODY ģenētisko riska faktoru raksturošanai Latvijas populācijā.
„Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai” ERAF Nr.: 1.1.1.1/16/A/091, 2017-2019. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā. Tiek paredzēts, ka plānotās aktivitātes palīdzēs definēt zarnu mikrobioma lomu atbildes reakcijas uz metformīna lietošanu regulācijā, kā arī sniegs ieskatu epiģenētisko marķieru profilos un to funkcionālajā nozīmē medikamenta terapijas kontekstā.
"LatDiane: Latvijas diabētiskās nefropātijas pētījums"; tiek finansēts no LU bāzes finansējuma. Mērķis - slāpekļa oksīda līmeņa noteikšana 1. tipa diabēta pacientu serumā/urīnā.
“Ar proteasomām saistīto multiplās sklerozes ģenētisko, epiģenētisko un klīnisko marķieru noteikšana” ERAF 1.1.1.1/16/A/016. Projekta mērķis: iegūt jaunas zināšanas par proteasomu ģenētisko, genomisko un klīnisko nozīmi multiplās sklerozes (MS) patoģenēzē, noteikt ar proteasomām saistītos MS ģenētiskos, epiģenētiskos un klīniskos marķierus, kā arī gūt zināšanas un prasmes medicīniskam un farmakogenomiskam pielietojumam.
Pētījumi 2017. gadā
"Melanomas metastāžu un sekundāro audzēju attīstības ģenētiskie marķieri (GENMEL)", kas tiek īstenots ERA-NET projekta TRANSCAN JTC2013 ietvaros. Projekta identifikācijas Nr.: GENMEL Z/15/1285 - PRL15/15. Izpildes termiņš: 1.05.2015.-30.04.2018. Vadītāja - Dr.biol. Dace Pjanova. Projekta mērķis ir identificēt ģenētiskās izmaiņas, kuras varētu būt saistītas ar metastāžu un sekundāro audzēju veidošanos.
“Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais dizains diagnostikas mērķiem”, kas tiek veikts ERAF 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros. Nr. 1.1.1.1/16/A/211. Izpildes termiņš: 1.03.2017.-29.02.2020. Projekta mērķis ir sintezēt jaunus luminoforus slimību diagnostikai medicīnā un veterinārmedicīnā.
Valsts pētījumu programma „Biomedicīna sabiedrības veselībai” (BIOMEDICINE), Apakšprojekta Nr.7.3. Īstenošanas periods: 2014-2017. Projekta mērķis: ar multidisciplināra konsorcija palīdzību pētīt vīrusu, baktēriju un makroorganisma mijiedarbību infekcijas procesa attīstības gaitā, šīs mijiedarbības mehānismus un determinantes inovatīvu infekcijas procesa regulācijas un modulācijas stratēģiju izveidei.
“Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai, atklāt prognostisku un diagnostiskus HA molekulāros marķierus”, ERAF, 1.1.1.1/16/A/066, 2017-2019. Projekta mērķis: izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai.
VPP „Biomedicīna sabiedrības veselībai” (BIOMEDICINE) projekts Nr.2 „Diabēta un kardiovaskulāro komplikāciju molekulārie mehānismi, farmakoģenētika un jauni ārstniecības līdzekļi” apakšprojekts Nr.2.8., īstenošanas periods 2014-2017. Pētījuma mērķis: MODY mutāciju skrīnings, kas ietver 13 riska gēnu kodējošo daļu analīzi, MODY ģenētisko riska faktoru raksturošanai Latvijas populācijā.
„Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas efektivitātes prognozēšanai” ERAF Nr.: 1.1.1.1/16/A/091, 2017-2019. Projekta mērķis ir raksturot līdz šim maz pētītus faktorus, kas nosaka atbildes reakciju uz metformīna terapiju, nolūkā identificēt medikamenta efektivitāti un panesamību raksturojošus marķierus 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā. Tiek paredzēts, ka plānotās aktivitātes palīdzēs definēt zarnu mikrobioma lomu atbildes reakcijas uz metformīna lietošanu regulācijā, kā arī sniegs ieskatu epiģenētisko marķieru profilos un to funkcionālajā nozīmē medikamenta terapijas kontekstā.
"LatDiane: Latvijas diabētiskās nefropātijas pētījums"; tiek finansēts no LU bāzes finansējuma. Mērķis - slāpekļa oksīda līmeņa noteikšana 1. tipa diabēta pacientu serumā/urīnā.
“Ar proteasomām saistīto multiplās sklerozes ģenētisko, epiģenētisko un klīnisko marķieru noteikšana” ERAF 1.1.1.1/16/A/016. Projekta mērķis: iegūt jaunas zināšanas par proteasomu ģenētisko, genomisko un klīnisko nozīmi multiplās sklerozes (MS) patoģenēzē, noteikt ar proteasomām saistītos MS ģenētiskos, epiģenētiskos un klīniskos marķierus, kā arī gūt zināšanas un prasmes medicīniskam un farmakogenomiskam pielietojumam.
Pētījumi, kas veikti pirms 2017. gada, tiek uzglabāta VIGDB dokumentu arhīvā.
Šo publikāciju zinātnisko rezultātu iegūšanai izmantoti Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes resursi:
2020. gads
García-Calzón, S., Perfilyev, A., Martinell, M., Ustinova, M., Kalamajski, S., Franks, P. W., Bacos, K., Elbere, I., Pihlajamäki, J., Volkov, P., Vaag, A., Groop, L., Maziarz, M., Klovins, J., Ahlqvist, E., & Ling, C. (2020). Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-naïve patients with type 2 diabetes. Science translational medicine, 12(561), eaaz1803. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaz1803
Elbere I, Silamikelis I, Dindune I.I, Kalnina I, Ustinova M, Zaharenko L, Silamikele L, Rovite V, Gudra D, Konrade I, Sokolovska J, Pirags V, Klovins J. (2020) Baseline gut microbiome composition predicts metformin therapy short-term efficacy in newly diagnosed type 2 diabetes patients. PLoS ONE 15(10): e0241338. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0241338
Ustinova, M., Ansone, L., Silamikelis, I., Rovite, V., Elbere, I., Silamikele, L., Kalnina, I., Fridmanis, D., Sokolovska, J., Konrade, I., Pirags, V., & Klovins, J. (2020). Whole-blood transcriptome profiling reveals signatures of metformin and its therapeutic response. PloS one, 15(8), e0237400. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0237400
Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group*. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Euro Surveill. 2020 Aug;25(32):2001410. PMID: 32794443.
Peculis R, Balcere I, Radovica-Spalvina I, Konrade I, Caune O, Megnis K, Rovite V, Stukens J, Nazarovs J, Breiksa A, Kiecis A, Silamikelis I, Pirags V, Klovins J. Case report: recurrent pituitary adenoma has increased load of somatic variants. BMC Endocr Disord. 2020 Jan 29;20(1):17. PMID: 31996211
Peculis R, Mandrika I, Petrovska R, Dortane R, Megnis K, Nazarovs J, Balcere I, Stukens J, Konrade I, Pirags V, Klovins J, Rovite V. Pituispheres Contain Genetic Variants Characteristic to Pituitary Adenoma Tumor Tissue. Front Endocrinol (Lausanne). 2020 May 22;11:313. PMID: 32528411
Eggermann T, Elbracht M, Kurth I, Juul A, Johannsen TH, Netchine I, Mastorakos G, Johannsson G, Musholt TJ, Zenker M, Prawitt D, Pereira AM, Hiort O; European Reference Network on Rare Endocrine Conditions (ENDO-ERN). Genetic testing in inherited endocrine disorders: joint position paper of the European reference network on rare endocrine conditions (Endo-ERN). Orphanet J Rare Dis. 2020 Jun 8;15(1):144. PMID: 32513286
Vedmedovska N, Bokucava D, Kivite-Urtane A, Rovite V, Zake-Nikitina L, Klovins J, Fodina V, Donders GGG. The Correlation Between Abnormal Uterine Artery Flow in the First Trimester and Genetic Thrombophilic Alteration: A Prospective Case-Controlled Pilot Study. Diagnostics (Basel). 2020 Aug 31;10(9):E654. PMID: 32878173
Sokolovska J, Stefanovics J, Gersone G, Pahirko L, Valeinis J, Kalva-Vaivode S, Rovite V, Blumfelds L, Pirags V, Tretjakovs P. Angiopoietin 2 and Neuropeptide Y are Associated with Diabetic Kidney Disease in Type 1 Diabetes Mellitus. Exp Clin Endocrinol Diabetes. 2020 Jan 20. PMID: 31958847
Zalizko P, Stefanovics J, Sokolovska J, Paramonova N, Klavina E, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A. Thiopurine S-methyltransferase genetic polymorphisms in adult patients with inflammatory bowel diseases in the Latvian population. Therap Adv Gastroenterol. 2020 Jul 14;13:1756284820937426. PMID: 32704308
Kamitaki N, Sekar A, Handsaker RE, de Rivera H, Tooley K, Morris DL, Taylor KE, Whelan CW, Tombleson P, Loohuis LMO, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; Boehnke M, Kimberly RP, Kaufman KM, Harley JB, Langefeld CD, Seidman CE, Pato MT, Pato CN, Ophoff RA, Graham RG, Criswell LA, Vyse TJ, McCarroll Complement genes contribute sex-biased vulnerability in diverse disorders. Nature. 2020 Jun;582(7813):577-581. PMID: 32499649
Mezinska S, Kaleja J, Mileiko I, Santare D, Rovite V, Tzivian L. Public awareness of and attitudes towards research biobanks in Latvia. BMC Med Ethics. 2020 Jul 31;21(1):65. PMID: 32736554
Nagle E., Luksa N., Moisejevs G., Gailite L. Risk factor analysis for gout in the Latvian population. Proceedings of the Latvian Academy of Sceinces. Sect.B. Vol74(2020) No1 (724, pp.7-11).
2019. gads
Taylor NJ, Mitra N, Qian L, Avril MF, Bishop DT, Paillerets BB, Bruno W, Calista D, Cuellar F, Cust AE, Demenais F, Elder DE, Gerdes AM, Ghiorzo P, Goldstein AM, Grazziotin TC, Gruis NA, Hansson J, Harland M, Hayward NK, Hocevar M, Höiom V, Holland EA, Ingvar C, Landi MT, Landman G, Larre-Borges A, Mann GJ, Nagore E, Olsson H, Palmer JM, Perić B, Pjanova D, Pritchard AL, Puig S, Schmid H, van der Stoep N, Tucker MA, Wadt KAW, Yang XR, Newton-Bishop JA, Kanetsky PA; GenoMEL Study Group. Estimating CDKN2A mutation carrier probability among global familial melanoma cases using GenoMELPREDICT. J Am Acad Dermatol. 2019 Feb 4. pii: S0190-9622(19)30190-2. doi: 10.1016/j.jaad.2019.01.079.
Ozola A, Ruklisa D, Pjanova D. The complementary effect of rs1042522 in TP53 and rs1805007 in MC1R is associated with an elevated risk of cutaneous melanoma in Latvian population. Oncol Lett. 2019 Nov;18(5):5225-5234. doi: 10.3892/ol.2019.10906.
Genome-Wide Association Study of Diabetic Kidney Disease Highlights Biology Involved in Glomerular Basement Membrane Collagen. Salem RM, Todd JN, Sandholm N, Cole JB, Chen WM, Andrews D, Pezzolesi MG, McKeigue PM, Hiraki LT, Qiu C, Nair V, Di Liao C, Cao JJ, Valo E, Onengut-Gumuscu S, Smiles AM, McGurnaghan SJ, Haukka JK, Harjutsalo V, Brennan EP, van Zuydam N, Ahlqvist E, Doyle R, Ahluwalia TS, Lajer M, Hughes MF, Park J, Skupien J, Spiliopoulou A, Liu A, Menon R, Boustany-Kari CM, Kang HM, Nelson RG, Klein R, Klein BE, Lee KE, Gao X, Mauer M, Maestroni S, Caramori ML, de Boer IH, Miller RG, Guo J, Boright AP, Tregouet D, Gyorgy B, Snell-Bergeon JK, Maahs DM, Bull SB, Canty AJ, Palmer CNA, Stechemesser L, Paulweber B, Weitgasser R, Sokolovska J, Rovīte V, Pīrāgs V, Prakapiene E, Radzeviciene L, Verkauskiene R, Panduru NM, Groop LC, McCarthy MI, Gu HF, Möllsten A, Falhammar H, Brismar K, Martin F, Rossing P, Costacou T, Zerbini G, Marre M, Hadjadj S, McKnight AJ, Forsblom C, McKay G, Godson C, Maxwell AP, Kretzler M, Susztak K, Colhoun HM, Krolewski A, Paterson AD, Groop PH, Rich SS, Hirschhorn JN, Florez JC; SUMMIT Consortium, DCCT/EDIC Research Group, GENIE Consortium. J Am Soc Nephrol. 2019 Oct;30(10):2000-2016. doi: 10.1681/ASN.2019030218. Epub 2019 Sep 19.
Zalizko P, Stefanovics J, Sokolovska J, Paramonova N, Klavina E, Erts R, Rovite V, Klovins J, Pukitis A, Thiopurine S-methyltransferase genetic polymorphisms in adult patients with inflammatory bowel diseases in the Latvian population. Therapeutic Advances in Gastroenterology. (submitted for publication).
Stavusis J, Lace B, Schäfer J, Geist J, Inashkina I, Kidere D, Pajusalu S, Wright NT, Saak A, Weinhold M, Haubenberger D, Jackson S, Kontrogianni-Konstantopoulos A, Bönnemann CG. Novel mutations in MYBPC1 are associated with myogenic tremor and mild myopathy. (2019) Ann Neurol. 86 (1), pp. 129-142. PMID: 31025394.
Ustinova M, Silamikelis I, Kalnina I, Ansone L, Rovite V, Elbere I, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Aladyeva J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Metformin strongly affects transcriptome of peripheral blood cells in healthy individuals. PLoS One. 2019 Nov 8;14(11):e0224835. doi: 10.1371/journal.pone.0224835. PMID: 31703101; PMCID: PMC6839856.
Megnis K, Peculis R, Rovite V, Laksa P, Niedra H, Balcere I, Caune O, Breiksa A, Nazarovs J, Stukens J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Evaluation of the Possibility to Detect Circulating Tumor DNA From Pituitary Adenoma. Front Endocrinol (Lausanne). 2019 Sep 18;10:615. doi: 10.3389/fendo.2019.00615. PMID: 31620080; PMCID: PMC6759656.
Hess JL, Tylee DS, Mattheisen M; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; Lundbeck Foundation Initiative for Integrative Psychiatric Research (iPSYCH), Børglum AD, Als TD, Grove J, Werge T, Mortensen PB, Mors O, Nordentoft M, Hougaard DM, Byberg-Grauholm J, Bækvad-Hansen M, Greenwood TA, Tsuang MT, Curtis D, Steinberg S, Sigurdsson E, Stefánsson H, Stefánsson K, Edenberg HJ, Holmans P, Faraone SV, Glatt SJ.. A polygenic resilience score moderates the genetic risk for schizophrenia. Mol Psychiatry (2019) doi:10.1038/s41380-019-0463-8.
Huckins LM, Dobbyn A, Ruderfer DM, Hoffman G, Wang W, Pardiñas AF, Rajagopal VM, Als TD, T Nguyen H, Girdhar K, Boocock J, Roussos P, Fromer M, Kramer R, Domenici E, Gamazon ER, Purcell S; CommonMind Consortium; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium; iPSYCH-GEMS Schizophrenia Working Group, Demontis D, Børglum AD, Walters JTR, O'Donovan MC, Sullivan P, Owen MJ, Devlin B, Sieberts SK, Cox NJ, Im HK, Sklar P, Stahl EA. Gene expression imputation across multiple brain regions provides insights into schizophrenia risk. Nat Genet 51, 659–674 (2019) doi:10.1038/s41588-019-0364-4.
Harold D, Connolly S, Riley BP, Kendler KS, McCarthy SE, McCombie WR, Richards A, Owen MJ, O'Donovan MC, Walters J; Wellcome Trust Case Control Consortium 2; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Donohoe G, Gill M, Corvin A, Morris DW. Population-based identity-by-descent mapping combined with exome sequencing to detect rare risk variants for schizophrenia. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2019 Apr;180(3):223-231. doi: 10.1002/ajmg.b.32716. Epub 2019 Feb 23. PMID: 30801977
IX Latvijas Gastroentroloģijas kongresa tēžu grāmata, Association between risk of liver fibrosis and the composition of faecal microbiota in type 2 diabetes mellitus patients with NAFLD, Ilze Birka, Ilze Elbere, Aiga Stāka, Linda Zaharenko, Vita Rovīte, Valdis Pīrāgs, Jānis Kloviņš.
2018. gads
Ozola A., Ruklisa D., Pjanova D. Association of the 16q24.3 region gene variants rs1805007 and rs4785763 with heightened risk of melanoma in Latvian population. Meta Gene (2018) 18:87-92.
Grasmane A., Rots D., Vitina Z, Magomedova V, Gailite L. The association of FMR1 gene (CGG)n variation with idiopathic female infertility.Archives of Medical Sciences (pieņemts publikācijai 2018,gadā, publicēšana 2019/2020 gadā).
Gailite, L., Rots, D., Pukite, I., Cernevska, G., Kreile, M. Case report: multiple UGT1A1 gene variants in a patient with Crigler-Najjar syndrome. BMC Pediatrics, Volume 18, Issue 1, 3 October 2018, 317. doi: 10.1186/s12887-018-1285-6.
Moisejevs G., Gailite L., Isajevs S., Nikitina Zake L., Kempa I., Janciauskis D., Kikuste I., Sivins A., Ancans G., Leja M. Lack of association between rs2067474 in the histamine receptor H2 gene and gastric cancer in Latvian population. Latvian Science Proceedings (pieņemts publicēšanai)
Elbere I, Silamikelis I, Ustinova M, Kalnina I, Zaharenko L, Peculis R, Konrade I, Ciuculete DM, Zhukovsky C, Gudra D, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Pirags V, Schiöth HB, Klovins J 2018. Significantly altered peripheral blood cell DNA methylation profile as a result of immediate effect of metformin use in healthy individuals. Clinical Epigenetics DOI: 10.1186/s13148-018-0593-xiT scalled.
Ustinova M, Silamikelis I, Elbere I, Kalnina I, Ansone L, Rovite V, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Aladyeva J, Konrade I, Pirags V, Klovins J. Metformin Strongly Affects Transcriptome of Peripheral Blood Cells in Healthy Individuals” (Iesniegta publicēšanai Scientific Reports)
Elbere I, Kalnina I, Silamikelis I, Konrade I, Zaharenko L, Sekace K, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Gudra D, Pirags V, Klovins J. (2018) Association of metformin administration with gut microbiome dysbiosis in healthy volunteers. PLoS ONE 13(9): e0204317.
Tambets K, Yunusbayev B, Hudjashov G, Ilumäe AM, Rootsi S, Honkola T, Vesakoski O, Atkinson Q, Skoglund P, Kushniarevich A, Litvinov S, Reidla M, Metspalu E, Saag L, Rantanen T, Karmin M, Parik J, Zhadanov SI, Gubina M, Damba LD, Bermisheva M, Reisberg T, Dibirova K, Evseeva I, Nelis M, Klovins J, Metspalu A, Esko T, Balanovsky O, Balanovska E, Khusnutdinova EK, Osipova LP, Voevoda M, Villems R, Kivisild T, Metspalu M. Genes reveal traces of common recent demographic history for most of the Uralic-speaking populations. Genome Biol. 2018 Sep 21;19(1):139.
Ni G, Gratten J, Wray NR, Lee SH; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Age at first birth in women is genetically associated with increased risk of schizophrenia. Sci Rep. 2018 Jul 5;8(1):10168.
Brainstorm Consortium; Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science. 2018 Jun 22;360(6395).
Bipolar Disorder and Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genomic Dissection of Bipolar Disorder and Schizophrenia, Including 28 Subphenotypes. Cell. 2018 Jun 14;173(7):1705-1715
Ni G, Moser G; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Wray NR, Lee SH. Estimation of Genetic Correlation via Linkage Disequilibrium Score Regression and Genomic Restricted Maximum Likelihood. Am J Hum Genet. 2018 Jun 7;102(6):1185-1194
2017. gads
McLaughlin RL, Schijven D, van Rheenen W, van Eijk KR, O'Brien M, Kahn RS, Ophoff RA, Goris A, Bradley DG, Al-Chalabi A, van den Berg LH, Luykx JJ, Hardiman O, Veldink JH; Project MinE GWAS Consortium; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genetic correlation between amyotrophic lateral sclerosis and schizophrenia. Nat Commun. 2017 Mar 21;8:14774.
Sviklāne L, Olmane E, Dzērve Z, Kupčs K, Pīrāgs V V, Sokolovska J. Fatty liver index and hepatic steatosis index predict non-alcoholic fatty liver disease in type 1 diabetes. J Gastroenterol Hepatol. 2017 May 2.
A New Baltic Population-Specific Human Genetic Marker in the PMCA4 Gene. Stavusis J, Inashkina I, Lace B, Pelnena D, Limborska S, Khrunin A, Kucinskas V, Krumina A, Piekuse L, Zorn B, Fodina V, Punab M, Erenpreiss J. Hum Hered. 2016;82(3-4):140-146. doi: 10.1159/000481434. Epub 2017 Nov 2.
Rovite V, Wolff-Sagi Y, Zaharenko L, Nikitina-Zake L, Grens E, Klovins J. Genome Database of the Latvian Population (LGDB): design, goals, and primary results. Journal of Epidemiology. Accepted August 6th, 2017, in press.
Ilze Elbere, Ineta Kalnina, Ivars Silamikelis, Ilze Konrade, Linda Zaharenko, Ilze Radovica-Spalvina, Davids Fridmanis, Dita Gudra, Valdis Pirags, Janis Klovins. Association of metformin administration with gut microbiome dysbiosis in healthy volunteers. The Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics.
2016. gads
Dujic, T., Zhou, K., Yee, S.W., van Leeuwen N., de Keyser, C.E., Javorský, M., Goswami, S., Zaharenko. L., Marie, M., Christensen, H., Out, M., Tavendale, R., Kubo, M., Hedderson, M.M., van der Heijden, A.A., Klimčáková, L., Pirags, V., Kooy, A., Brøsen, K., Klovins, J., Semiz, S., Tkáč, I., Stricker, B.H., Palmer, C.N., 't Hart, L.M., Giacomini, K.M., Pearson, E.R. Variants in Pharmacokinetic Transporters and Glycaemic Response to Metformin: A MetGen Meta-Analysis. 2016. Clinical Pharmacology & Therapeutics, Epub ahead of print. PMID: 27859023
Zaharenko, L., Kalnina, I., Geldnere, K., Konrade, I., Grinberga, S., Židzik ,J., Javorský, M., Lejnieks, A., Nikitina-Zake, L., Fridmanis, D., Peculis, R., Radovica-Spalvina, I., Hartmane, D., Pugovics, O., Tkáč, I., Klimčáková, L., Pirags, V., Klovins, J. Single nucleotide polymorphisms in the intergenic region between metformin transporter OCT2 and OCT3 genes are associated with short-term response to metformin monotherapy in type 2 diabetes mellitus patients. 2016. European Journal of Endocrinology, Epub ahead of print. PMID: 27609360
Peculis, R., Balcere, I., Rovite, V., Megnis, K., Valtere, A., Stukens, J., Arnicane, L., Nikitina-Zake, L., Lejnieks, A., Pirags, V., Klovins, J. Polymorphisms in MEN1 and DRD2 genes are associated with the occurrence and characteristics of pituitary adenomas (2016) European Journal of Endocrinology, 175 (2), pp. 145-153. PMID: 27185868
Franke, B., Stein, J.L., Ripke, S., Anttila, V., Hibar, D.P., van Hulzen, K.J., Arias-Vasquez, A., Smoller, J.W., Nichols, T.E., Neale, M.C., McIntosh, A.M., Lee, P., McMahon, F.J., Meyer-Lindenberg, A., Mattheisen, M., Andreassen, O.A., Gruber, O., Sachdev, P.S., Roiz-Santiañez, R., Saykin, A.J., Ehrlich, S., Mather, K.A., Turner, J.A., Schwarz, E., Thalamuthu, A., Yao, Y., Ho, Y.Y., Martin, N.G., Wright, M.J., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Psychosis Endophenotypes International Consortium, Wellcome Trust Case Control Consortium 2, Enigma Consortium, O'Donovan, M.C., Thompson, P.M., Neale, B.M., Medland, S.E., Sullivan, P.F. Genetic influences on schizophrenia and subcortical brain volumes: large-scale proof of concept (2016) Nature Neuroscience, 19(3):420-31. PMID: 26854805
Sekar, A., Bialas, A.R., de Rivera, H., Davis, A., Hammond, T.R., Kamitaki, N., Tooley, K., Presumey, J., Baum, M., Van Doren, V., Genovese, G., Rose, S.A., Handsaker, R.E., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Daly, M.J., Carroll, M.C., Stevens, B., McCarroll, S.A. Schizophrenia risk from complex variation of complement component 4 (2016). Nature, 530(7589):177-83. PMID: 26814963
Bigdeli, T.B., Ripke, S., Bacanu, S.A., Lee, S.H., Wray, N.R., Gejman, P.V., Rietschel, M., Cichon, S., St Clair, D., Corvin, A., Kirov, G., McQuillin, A., Gurling, H., Rujescu, D., Andreassen, O.A., Werge, T., Blackwood, D.H., Pato, C.N., Pato, M.T., Malhotra, A.K., O'Donovan, M.C., Kendler, K.S., Fanous, A.H., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genome-wide association study reveals greater polygenic loading for schizophrenia in cases with a family history of illness (2016) American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics, 171B(2):276-89. PMID: 26663532
Hamdi, Y., .... Tihomirova, L., ..... Simard, J. Association of breast cancer risk in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers with genetic variants showing differential allelic expression: identification of a modifier of breast cancer risk at locus 11q22.3 (2016) Breast Cancer Research and Treatment, pp. 1-18. PMID: 27796716
Lawrenson, K., … Tihimirova, L., ... Price, M. Functional mechanisms underlying pleiotropic risk alleles at the 19p13.1 breast-ovarian cancer susceptibility locus (2016) Nature Communications, 7, art. no. 12675. PMID: 27601076
Hollestelle, A.,…. Tihomirova, L., … Goode, E.L., Breast Cancer Family Register, EMBRACE, GENICA Network, HEBON, SWE-BRCA No clinical utility of KRAS variant rs61764370 for ovarian or breast cancer (2016) Gynecologic Oncology, 141 (2), pp. 386-401. PMID: 25940428
Couch, F.J.,…, Tihomirova, L., …. Antoniou, A.C. Identification of four novel susceptibility loci for oestrogen receptor negative breast cancer (2016) Nature Communications, 7, art. no. 11375. PMID: 27117709
Dunning, A.M.,… Tihomirova, L., … Edwards, S.L. Breast cancer risk variants at 6q25 display different phenotype associations and regulate ESR1, RMND1 and CCDC170 (2016) Nature Genetics, 48 (4), pp. 374-386. PMID: 26928228
Meeks, H.D., …. Tihomirova, L., … Goldgar, D.E. BRCA2 Polymorphic Stop Codon K3326X and the Risk of Breast, Prostate, and Ovarian Cancers (2016) Journal of the National Cancer Institute, 108 (2), art. no. Djv315. PMID: 26586665
Inashkina, I., Jankevics, E., Stavusis, J., Vasiljeva, I., Viksne, K., Micule, I., Strautmanis, J., Naudina, M.S., Cimbalistiene, L., Kucinskas, V., Krumina, A., Utkus, A., Burnyte, B., Matuleviciene, A., Lace, B.
Robust genotyping tool for autosomal recessive type of limb-girdle muscular dystrophies (2016) BMC Musculoskeletal Disorders, 17 (1), art. no. 1058. PMID: 27142102
Igumnova, V., Capligina, V., Krams, A., Cirule, A., Elferts, D., Pole, I., Jansone, I., Bandere, D., Ranka, R. Genotype and allele frequencies of isoniazid-metabolizing enzymes NAT2 and GSTM1 in Latvian tuberculosis patients (2016) Journal of Infection and Chemotherapy, 22 (7), pp. 472-477. PMID: 27236516
Publikācijas, kas publicētas pirms 2016. gada, apkopotas un tiek uzglabātas VIGDB dokumentu arhīvā
